人全基因組DNA甲基化芯片
陸譜基于Illumina公司的iScan系統,提供全面的人源全基因組DNA甲基化芯片服務。從陸譜推出的早期Methylation27 BeadChip芯片,到中期廣受歡迎的450K芯片以及新推出的850K(EPIC)芯片,位點數量不斷提升,覆蓋的基因區域更加廣泛,屬于公司的核心品牌服務之一。
不同課題的需求,豐富了陸譜在科研方案設計的經驗;
不同類型樣本的處理,豐富了陸譜在檢測技術的經驗;
不同數據分析的要求,豐富了陸譜在表觀調控信息處理的經驗;
在甲基化芯片靶向位點深度優化方面更是獨具優勢,匯集更多優化因素,為二期多中心大樣本驗證保駕護航!
技術原理
850K芯片沿承了Illumina應用在450K芯片中經典的BeadArray技術,通過Infinium I及II探針設計,在對目標區域全面覆蓋的同時也保證數據穩定可靠。Infinium I的設計是通過兩種不同的探針的信號值來區分甲基化的CpG位點(C)和非甲基化的CpG位點(T)的比例;而在Infinium II的設計中,每個檢測位點只設計一個探針,通過比較該探針摻入的兩種熒光的信號值來計算目的位點的甲基化比例。
技術優勢
1.豐富的多組學設計經驗
經典的“EWAS+RNA-array”之外,“EWAS+GWAS”及“EWAS+代謝組”的整合方案設計,更是極大拓寬了DNA甲基化的研究路線。及豐富了遺傳功能調控機制的研究思路。
2.完美的方案技術搭檔
陸譜的EWAS+Massarray聯合技術檢測品牌服務,成為EWAS整體解決方案的技術保障,更是目前EWAS領域的經典技術路線,CNS系列文章是很好的見證。
3.深度的EWAS差異位點優化服務
一直以來,EWAS芯片分析帶來的上千個位點及區域差異化,無法深度篩選很有價值的靶向位點及區域進行二期大樣本多中心的驗證檢測,陸譜匯集比較全面,較前沿的優化因素進行深度挖掘,有效解決該服務領域的痛點,也成為了陸譜的服務特色之一。
服務流程
1.樣本準備
DNA提取-血液、組織等;
DNA質檢-OD、電泳;
2.EWAS芯片檢測
亞硫酸鹽bisulfite處理基因組,胞嘧啶C轉化成尿嘧啶U,甲基化的C不反應,保持不變,處理后的DNA與芯片雜交掃描,甲基化狀態可通過計算機熒光信號比例來確定。
3.報告整理
原始數據、質控評估;
實驗流程報告;
4.數據分析
差異甲基化分析;
基因功能及通路分析;
與轉錄組聯合分析;
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